放大分析ARDRA核糖体DNA限制
放大16 s rDNA,全身插入1500个基点),选择限制性内切酶消化定义限制片段长度多态性(RFLP)模式使用限制性内切核酸酶编辑(美国Promega)。细菌种类的相似性存在于三个克隆库,比较的RFLP类型内部和在每个克隆库进行使用GelCompar II(1.5版)软件。好氧颗粒的组成种群被定义的操作分类单位(辣子鸡)。在每个个体的相对丰度克隆OTU也被评估。
有相当大的多样性在每个克隆库和微生物多样性有差异在三个不同的克隆库。这表明改变微生物群落的组成。微生物与五限制片段长度多态性(RFLP)类型(A, B, C, D, E)似乎发挥重要作用的发展有氧颗粒。
共有144个克隆包含完整的插入(~ 1500个基点),与限制性内切酶消化编辑,这已被证明是特别有效定义操作分类单元(辣子鸡)(梅奥et al ., 1996;钱德勒et al ., 1997)。编辑完整的插入导致消化2 - 6容易解决乐队,这是用于RFLP聚类分析(数据未显示)。结果16 s rDNA克隆库和ARDRA归纳如表7.1。
共有56个RFLP类型(辣子鸡),确定了三个克隆库。21个RFLP类型的发现来自45个克隆来自年轻的颗粒,27日类型确定了来自52个克隆成熟的颗粒,和23类型从旧的颗粒被认可来自47个克隆。
表7.1。总结16 s rDNA克隆和RFLP类型从好氧颗粒样品中恢复过来
表7.1。总结16 s rDNA克隆和RFLP类型从好氧颗粒样品中恢复过来
增长阶段 |
全长的克隆 |
RFLP类型 |
独特的克隆 |
覆盖率% |
年轻的 |
45 |
21 |
11 |
75.6 |
成熟的 |
52 |
27 |
17 |
67.3 |
老 |
47 |
23 |
11 |
76.6 |
总 |
144年 |
56 |
< ^ ^ < < < < < < < < < < < < < < < < <«< 5 < < < miDiDiii E3年轻 25日20 15 10 25日20 15 10 IMUUMMUM < ^ ^ < < < < < < < < < < < < < < < < < < < < < < < <嗯 米成熟 <莫噢IL < 3 x - - j - j gzo occ toi-s > ax > N < m oo会&x-j T *詹zoocc我> 5 x > N <莫问 年代的老 图7.3。分布和相对丰富的16 s rDNA克隆的不同生长阶段有氧颗粒。 克隆的分布在每一个克隆库,在RFLP类型和相对丰度是绘制在图7.3。 |
继续阅读:需氧菌和兼性厌氧菌颗粒
这篇文章有用吗?