结果与讨论Xyd
3.1。tts基因簇内的删除主机特定的方式影响的共生关系。已知的tts根瘤菌至少有17个基因的基因簇的共同点(图1)。为共生分析其重要性,我们创建删除导数A136缺乏几个开放阅读框架。与野生型相比,有节与应变A136显然推迟Macroptilium atropurpureum和一定程度上对大豆(图2)。没有有节缺陷可观测和豇豆属unguiculata。接种后二十天,m . atropurpureum感染菌株A136仍有更少的结节,然而增加的大小。尽管少结节被诱导在m . atropurpureum乙炔还原并不损害乙炔的基础上减少/植物(数据未显示)。因此,我们观察到的增加与突变株根瘤干重。
m·洛蒂
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orf编码分泌蛋白在uidA记者NGR234融合基因
O orf特定于一个应变除了y4vP其框
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图1所示。比较III型分泌基因簇。守恒的地区由阴影区域相连。箭头指向新发现nop基因在所有三个菌株是守恒的。
wt A136 wt A136 wt A136
g·马克斯·m·atropurpureum诉unguiculata
图2。有节表型的突变A136(图1)。在列数字指示植物用于试验的数量。
3.2。点头框前y4xl (ttsA)是由nodW和诺德地区。众所周知,常见点头的基因之前一个点头盒子,nodW和nodDl激活。之前因为y4xl(美国)也点头框(图1),我们希望它是由nodW和nodDl。为了验证这一点,我们构建了一个转录基因融合与uidA记者。融合是插入到染色体的wt和不同的突变株。正如预测的那样,被染料木黄酮诱导表达野生型的背景(图3)。y4xl中的表达模式并没有改变(ttsA)突变体,表明该基因没有参与点头框启动子的调控。然而,没有观察到感应nodW或诺德变种人。因此,任何一个监管系统的代理通过其他系统或系统都是代理在同一子。我们赞成的最后想法由于上述相似性点头箱常见的点头基因区域。Y4xl (TtsA)蛋白质表现出相似的成员两个组件管理系统。此外,我们发现它是参与nolU-lacZ融合的监管。由于这个原因,我们相信Y4xl (TtsA)在一份监管行为级联的下游NodW和NodDl tts集群的转录激活。因此,我们建议改变指定y4xl ttsA(三型分泌)。
wt y4xl nodW nodD2DlnolA ~
图3。活动的一个转录点头box-uidA融合在野生型和突变株。值至少五个独立的文化。
3.3。基因在tts集群之前,一个共同的主题。如果TtsA tts集群的主要基因的激活,然后你可能期待共同序列上游的转录单位。对应分析的结果如图4所示。上游地区的所有三个rhizobial菌株有明显的相似性。rhcCl-nolB基因间区域表现出相似性高于其余的上游序列。对齐,我们不包括nopX上游地区的顺序和美国fredii nolB。这个菌株的序列(加入Ay034152)几乎相同的序列NGR234和是守恒的不变的元素。然而,美国fredii转录开始nopX nolB场所已经确定(Kovacs et al . 1995年)。它们坐落11 12英国石油公司bp和下游的守恒的元素,分别。 Therefore, it is likely that the conserved sequences serve as promoter elements. Nevertheless, the impact of the conserved nucleotides on the expression level remains to be elucidated.
Bjap |
AGGCTCGTCAGCTTTTCGAAAGCTAGCGCCCCTA - |
64年 |
英国石油公司 |
nop一 |
m·洛蒂 |
AGACTCGTCAGGTTCTCGAAAGCTCCTGCTCGTA - |
446年 |
英国石油公司 |
nopA |
NGR2 34 |
ACAATTGTCAGCTTTTCGAAAGCTGGAGCTCATA - |
410年 |
英国石油公司 |
nop一 |
Bjap |
ATCATCGTCAGCTTTTCGACAGGTGTTCGGGCTA - |
221年 |
英国石油公司 |
id205 |
NGR234 |
CTGATTGTCAGCTTCTCGAAAGGTATGTCTCTTA - |
261年 |
英国石油公司 |
nopL |
Bjap |
CCGATCGTCAGCTTTTCGAAAGCTAAAGCCCCCA - |
109年 |
英国石油公司 |
nopL |
Bjap |
GCGAT-GTCAGGTTTTGGAAAGCAAACGTGAGTA - |
36 |
英国石油公司 |
id274 |
m·洛蒂 |
GAACTCGTCAGTTTACCGAAAGCTAAACCGCTCA - |
One hundred. |
英国石油公司 |
nopX |
NGR2 34 |
AGCCTCGTCAGTTTCTCGAAAGCTAAACCGCTCA - |
189年 |
英国石油公司 |
nopX |
共识TcGTCAG TT TCGAAAGcTa c c助教
c tts盒共识tcGTCAGcTT TCGaaAGcT c c助教
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图4。对齐的假定的tts内基因启动子区域集群。数字显示的距离假定的起始密码子。表示之间的基因间区上部发散思维导向nolB和rhcCl基因。核苷酸中保存所有地区展露无遗。守恒的核苷酸序列除了一个大写字母打印。小写字母显示的位置在至少七上游地区是守恒的。
3.4。tts基因簇包含一位至今身份不明的守恒的ORF编码一种分泌蛋白。再分析核苷酸序列的所有三个rhizobial菌株显示存在守恒的ORF上游y4yQ(图1和5)。都是相当的大小。相似的氨基酸蛋白质之间的最高级别是NGR234和m .洛蒂。在早先的工作中,我们确定了n端氨基酸序列的蛋白b .日本血吸虫的出口。获得序列AVDNVGG完美契合的氨基端一端推断基因新开放的产物。我们建议名称基因nopA(有节外蛋白质)的命名建议玛丽et al。(2001)。
B j美联社MA.VDNVG——GNGGAAG——AQQTGDSGFQNQMAEFERVSQKVQAQAVAMRRITTELS
NGR234 MSKIGTLTSAVGAGAAAGQNVAAKGAGAAAFQAQIAELAAVSAEATARSMLLRTVTTELQ
我我我我我我我我我我我二世二世第二我我我我我我我我我我我我我二世
m·洛蒂MSKAGTGTSAAGTGTSVATDVGTRVAGKAAFEAQIADLTAASLEATARSIQLRTVTTNLN
Bjap SEKKVADERVQ 63
2我我我我我我NGR234 TTKKAADERVQ 71
图5。对齐的NopA蛋白质。的氨基酸序列获得的b细胞外蛋白质的氨基端测序。日本血吸虫是强调。
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