寻找FixJ调节子

监管的级联控制nif和修复基因,FixJ是一个全球性的监管机构,而nif nif和fixK专门监管机构和修复基因,分别。这个监管网络架构提出FixJ可能控制其他组基因在应对microaerobiosis结节环境。

VI第二十五章

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图3。FixJ结合位点分布在美国meliloti基因组。

图3。FixJ结合位点分布在美国meliloti基因组。

为了识别潜在的新FixJ目标基因组的美国meliloti我们开发了一个体外循环选择(SELEX)程序使用之间的融合蛋白FixJ销售税和DNA结合域。基因组DNA片段覆盖整个美国meliloti所生成的随机启动所述歌手et al . (1997), protein-DNA配合物吸附在glutathione-sepharose珠子,DNA被筛选了和放大。产生的DNA,富含FixJ绑定碎片,受到额外的选择循环直到protein-DNA复合物可以检测到凝胶缺陷分析。三轮的选择似乎是足够了。所选片段克隆和测序和片段来自同一地区集群序列比较的基础上。分析了32个独立候选人FixJ目标。这些候选目标进一步测试了凝胶阻滞和DNase我本文实验的FixJ ~ P,导致鉴定了22 FixJ ~ P s meliloti基因组结合位点。这些包括已知fixK和fixK的发起人(Waelkens et al . 1992年)和20个小说网站不均匀地分布在基因组(图3)。pSymA包含10个站点分布在整个复制子,而只有3网站位于pSymB。相似的染色体包含很少FixJ ~ P结合位点,除了这一地区曾被认为是造成水平转移(Capela餐馆et al . 2001年)。因此fixJ基因和其大部分目标似乎由pSymA,这是符合pSymA最近获得了相对的提议(Galibert et al . 2001),一起解决。/调节子。 In this scenario, the cluster of FixJ binding sites found on the chromosome would mostly derive from pSymA.

同意这一观点,两个新的FixJ目标似乎源于fixK的复制子,明显存在的残余截断fixK羊痘疮。这种重复的fixK发起人授予/«。/端依赖microaerobic感应下游基因,rt - pcr和报告基因实验就证明了这一点。类似的启动子重复,包括截断nifH ORF,以前观察到的nifH启动子和被发现赋予nif监管在下游基因(更好的et al . 1983;墨菲et al . 1993年)。这样一个“子劫持”可能因此更常见的现象比最初认为的在美国meliloti基因组中,使招聘的新基因预先存在的监管网络。

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